長野電鉄湯田中駅のトイレで佐藤誠の刺殺体が発見された。相談したいことがあるといわれ、待ち合わせをしていた木本啓一郎は、かつて佐藤とともに松代大本営跡の調査をしたことがあった。やがて木本は佐藤が大本営跡近くで二体の白骨を発見したことを突き止める。一方、十津川警部と大学で同窓だった中央新聞社会部記者の田島は学生時代に木本の講義を受けていたことから事件に関心を抱き取材を始めたものの、突然失踪したのだ！？　事件の背後に蠢く戦時中の暗い裏面…。十津川＆亀井、太平洋戦争の闇に挑む！