20××年、M7．8の直下型地震が襲った東K市で、唯一甚大な被害が出た「湾岸D地区」。 駆けつけた自衛軍レスキュー班・第四部隊のレイと魚住は、そこで正体不明のセスナ機に爆撃されてしまう!! 「第四部隊全滅」が伝えられる中、奇跡的に生き残った2人の前に謎の男が現れて!? ”Clean City”物語。