「殺人人形（キリング・ドール）」のコードネームを持つ少年・結（ゆい）。彼は「組織」によって戦闘の妨げになるような感情が芽生えないように育てられた暗殺者だった。人の殺し方は知っていても涙の流し方は知らない結は、与えられた「任務」を冷たく遂行してゆく――。人との接し方が分からず、周りと距離を置いていた結だが、萌子という少女から懐かれてしまい仕方なく相手をすることに。だが新たに与えられた任務の内容は…。