海上自衛官の秋月三佐は自身の乗船する艦にて、突如新兵器を搭載した謎の潜水戦艦の攻撃を受け、艦を沈められる。重傷を負ったが、一月後にはその潜水戦艦を追い、また海へと出る。その中、秋月三佐の弟であり、主人公の秋月健太郎は天才的なロボット科学者・天馬博士と出会う。そして秋月兄弟と世界征服を企むマフイ団との戦いがはじまっていく――。