西暦2106年。人類は謎の巨大生命体セイレーネスに対抗すべく時空結晶体をコアとする艦隊ナーフディスを建造。木星の前線基地ヴィマーナを訪れた少年ユウ・ヤマトはナーフディスの搭乗者となり出撃することに!?