あすなろ率いる第三野球部が甲子園大会決勝で延長再試合の激戦を繰り広げてから早十数年。名門・桜高校第三野球部も時代の流れなのかサッカーに人気をさらわれ、年々部員がへり続けついには廃部寸前。そんな中、野球をあきらめるために桜高校に来た相葉と甲子園出場を夢見る二宮努の出会いから第三野球部の挑戦が始まる。