東京駅の地下に佇む「水底図書館」は、世界中の稀覯本を収集する図書館だ。希少な稀覯本の取引の場にもなっており、世界中から腕利きのディーラーが集う。オークションで競り落とすには、「持ち主にふさわしい」と館長の五色に認められる必要があり、あらゆる駆け引きも熾烈。司書の未森は、古書ハンターの秋に振り回されながらも、権謀や外敵から本を守り続けている。そんなある日。五色が何者かに襲撃されて――