「今日はカンナビだから」と地区会長の誘いで夜の神社に足を踏み入れた牟良修平。待っていたのは幼い頃によく遊んでいた葉月だった。異様な雰囲気と美しくなった葉月の前に思考が靄がかかったような修平は葉月を興奮と欲望に任せて抱くのだが、行為の後葉月が処女だと知った修平は取り返しのつかない事をしてしまったと後悔するのだった。「カンナビ」とは一体なんなのか、巫女3姉妹の明けない夜が始まる。