大気制御プラントの暴走と戦争により、人類は滅亡の危機に瀕していた。存在の『情報』を書き換えることで、物理法則すら操る《魔法士》の少年、天樹錬は、世界にただ七つ残された閉鎖型都市《シティ》のひとつ、神戸シティに輸送される実験サンプルの奪取の依頼を受けるが、同じく魔法士の《騎士》黒沢祐一に阻まれ、フィアという少女だけを連れ帰る。それぞれに守りたい人々のため、ぶつかり合う錬と祐一。しかしフィアには、《シティ》に関する、重大な秘密が隠されていた……。