平安～江戸時代。人に害をなす化け物ーー〈宵闇〉を倒すため陰陽師たちは存在した。彼らの作った組織は今に繋がり、それは政府直轄組織「宮内省陰陽課」となった。 現代。陰陽師の家に生まれた藤神蒼天は、霊の位置を把握し、霊と対話するささやかな能力だけで、その過酷な戦いの中にいたが、とある事件の捜査で、蒼天は彼の心をへし折る凄惨な光景に出会う……。 数年後、一般人となった蒼天の元に、行方不明の少女を探してほしいという依頼がやってくるがーー