"여러분이 잠든 사이, 세상은 변했습니다." 이 말과 함께 프로페서 X는 신생 뮤턴트 국가, 크라코아의 존재를 지구인에게 각인시킨다. 뮤턴트만의 규칙과 뮤턴트만의 언어가 있는, 모든 호모 슈피리어의 안식처. 크라코아를 독립 국가로 인정해 주는 대가로 자비에르는 기적과도 같은 신약을 인류에게 건네주기로 약속한다. 그렇게 공존의 시대는 끝났다. 오래된 꿈은 사라지고… 이제 새로운 희망의 시대가 온 것이다. 그 결단의 여파는 앞으로 100년, 아니 1,000년에 걸쳐 엄청난 충격을 가져올 것이다!