「わたしには秘密があります」と書いた手紙をポストに入れると、依頼主が一番隠しておきたい秘密を暴いてくれる、謎の組織“秘密倶楽部”。失くしてしまった記憶を取り戻すため、秘密倶楽部に接触した転校生の玖木ナキリは、依頼をこなす手伝いと引き換えに、部長の四十九院が握っているナキリの記憶に関わる情報を貰うという条件で、倶楽部に入部。無口で不愛想な部員兼ルームメイトの戸ヶ里千の相棒として、依頼主の秘密を暴く遊戯に参加することとなったが――。