審神者（さにわ）によって顕現された付喪神・刀剣男士達は、時代を遡り歴史の改変を目論む時間遡行軍を倒す為己が刀を振るう。「文久三年のとある城下町に時間遡行軍が襲来」という指令を受けた和泉守兼定と堀川国広は、幕末の世に出陣するが…!?