비밀스러운 학교에서 펼쳐지는 위험한 게임 범국가 단체 BMT의 주관으로 매년 비밀리에 개최되는 ‘합동수업'. 그것은 외부에 알려지지 않은 비밀스러운 섬에 다국적 참가자들을 모아놓고, 90일이란 한정된 시간 동안 '졸업 시험'에 대한 단서를 자력으로 찾아내어 시험에 통과하도록 하는 것이다. '합동수업'의 한국인 참가자 김신비는 생각지도 못한 낯선 방식의 수업과 부족한 정보, 섬에서만 벌어지는 초자연적인 현상에 당황하게 된다. 미션 실패의 패널티는 점점 가중되어만 가는데, 김신비와 3-I 반 참가자들은 예측할 수 없는 미션에서 승리할 수 있을까?