考古学科の大学院生であり教授の手伝いをしていた太田朱莉(おおた あかり)。ある日教授が退職することになり、学位取得はもちろん職も失う危機に晒されるが、教授の推薦によりA.O.Dという謎に包まれた組織で働くことになる。高待遇であることに疑問に抱きながらも、チームメンバーとともにさっそく初任務へと向かう朱莉。移動中のヘリの中で聞かされた内容…それは、組織の目的が人間の信仰心を餌とする「神」という生命体を殺すことであること、そして朱莉の任務は「神の名前」を突き止めることだった。