스타크래프트 암흑기사단 시리즈는 공허의 유산 시기의 테란과 프로토스의 이야기를 다루고 있다. 프로토스의 유적을 발굴하던 제이크의 몸속에 프로토스의 영혼이 들어왔다. 평범한 고고학자에서 한순간에 프로토스의 미래를 짊어지게 된 제이크. 과연 제이크는 프로토스의 지혜를 옮기고 살아날 수 있을까? 프로토스, 저그, 테란은 우주의 운명을 위해 어떤 선택을 하게 될까?