핵전쟁 이후, 전 세계가 폐허로 변해버린 2033년 이제 지하철이 인류의 고향이 되었다. 지상이 방사능으로 인해 폐허가 되자, 붉은 라인 연합은 방사능에 강한 돌연변이 초인 병사를 만들기 위해 비밀 실험을 감행한다. 그 첩보를 받은 무정부주의자들은 특수 유격대를 구성하고 붉은 라인의 음모를 막기 위해 그들의 실험실로 잠입하는데…… 그들이 향하는 '어두운 터널'의 비밀은 무엇인가? 또한, 유격대장 아나톨리는 금지된 지상에서 살아남아 메트로의 평화를 지킬 수 있을 것인가?