주인공은 약간 미련하고 바보같은 부룩쇠 이다.
어린시절 어머니가 영문도 모른채 떠난 뒤, 어머니를 그리워 하던 부룩쇠는 결국 어머니를 찾아 떠나게 되고, 떠돌이 신세가 된다.
자신의 이름도 나이도 모르는 떠돌이 소년이 된 부룩쇠를 윤호장 영감이 데려다가 꼬마동이로 데리고 있으며 온갖 일을 시킨다.

그런 부룩쇠에게는 네가지 소원이 있다.
첫째가 모찌 떡을 실컷 먹어보는 것, 기차를 한번 타보는 것, 학교에 다니는 것, 그리고 어머니를 만나보는 것이다.
몇 해를 영감의 집에서 지내었지만 어머니에 대한 그리움을 참지 못해 다시 어머니를 찾으러 서울로 향하게 된다.
그리고 갖은 고생 끝에 결국 어머니를 만나게 되고, 그 사연을 듣게 된 신문기자는 그 이야기를 기사로 쓰게 된다.
사흘 후 저녁, 신문기사를 본 어떤 노인이 모자를 찾아오게 되는데...

'어머니를 찾아서'는 1937년 4월부터 8월까지 잡지〈소년〉에 연재된 작품으로 채만식의 보기 드문 소년소설이다.
떠돌이 아이가 된 부룩쇠의 어리숙한 행동은 이야기의 재미를 고조시켜줌과 동시에 세상의 비극 앞에 좌절하는 소년의 절망감을 극대화 시킨다. 이야기가 전개 될 수록 독자들은 부룩쇠에 대한 동정심을 갖게 된다.
이에 반해 부룩쇠를 데려다가 혹사시키는 윤영감의 비도덕성은 기성세대의 위선을 보여준다. 부룩쇠를 집으로 돌려 보낼 궁리를 하는 대신 어떤 일을 부려먹을지 부터 생각하는 이기적인 어른의 모습을 보여주고 있다.
부룩쇠를 지켜주지 못한 부모의 무능 또한 그 당시 사회가 가지고 있는 문제와 함께 황폐화 된 농촌의 실상을 보여주고 있는 것이라고 할 수 있다.