世界にたった一人の存在、魔法工学師（マギクラフト・マイスター）。その後継者に選ばれた二堂仁は、転生先の研究所から転移門（ワープゲート）で外出を試みた。生憎の暴走によりカイナ村へと飛ばされてしまった仁を捜索せんと、いま研究所から自動人形（オートマタ）が旅立つ！　仁と自動人形との再会や如何に？