「大牙謙吾はどうした?」「さあー。あいつのことだから、今日もどこかで世界を救っているんじゃないですか?」一見普通の進学校、実は民間軍事会社グリークスが管理する海神学園。特進クラスに通うゲーム好きの少年兵・謙吾は、幼なじみの岩清水ユキナとともに、ヴェルトハイム公国から帰国した妹・涼羽を迎える。が、若くして公女フランシスカの家庭教師を務める涼羽は、何者かに狙われていた―。全身鎧GENEZを装備して戦う謙吾たちは、学園長の指示で、来日中の公女と涼羽の警護に就くが!?　超弩級アクション開幕。