帝都の男子校に通う夏河珪は、ある日“父親が行方不明になった”という電報を受け取る。英国で“機関”を研究する父・義一の身に何が……!? 女学生姿で同級生の妹になりすまし、正体を隠した珪は英国行きの船で父の元へ向かうが、急な嵐により難破。海に投げ出された珪を助けたのは、華やかな存在感を持つリベルタリア号の船長・ライルと名乗る男で……。