新東京・西竜位市。陸軍と空軍があい争い、結社が血で血を洗う。そこは、異形と異能が交差する、軍事学園都市。軍の秘密実験の場に踏み込んでしまった高校生、本郷榮二が目にしたのは、一人の少女だった――。