テレビ朝日系ドラマになった「特命係長　只野仁」の只野仁がついに課長昇進!?　「特命係長」から十数年後の世界を描く「特命課長」シリーズ、いざ、開幕！あの万年係長だった只野仁が昇進!?　50歳になっても筋肉隆々、特命をこなすと宣言する只野。そして、90歳になっても、会長職を続ける黒木の指令の元、まずは、デリヘルをしているとタレコミの入った電王堂OLの素行調査から開始する。その他、リストラにあったダメ部長の調査や、黒木会長の内緒のプレイべート特命も遂行する。