キーブレードの勇者ソラとXIII機関の戦いは、激しさを増し、いよいよクライマックスへ！　しかし、未だ謎の多いXIII機関。彼らの目的は？　忘却の城の秘密とは？　執拗にロクサスを追い求めるアクセル。一体、アクセルとロクサスとの間に何があったのか？　これらの謎の答えを求め、物語は、｢キングダム ハーツ 358/2 Days｣の世界へ──。