西暦2100年――ごく普通の高校2年・結衣坂梓はかつての医療事故で脳をナノマシンに汚染され、それ以降「様々な電子回路に瞬時にアクセスできる」という特殊な能力を有していた。 白昼の学園を突如襲うテロリスト。身辺を内偵していた警視庁特務課の助けを得て逃げる梓の前に、自律人型戦車M-66が立ち塞がる！