쇼와 20년(1945년), 제도(帝都). 대전 뒤편에 영령들의 투쟁이 남긴 궤적. 쇠퇴한 마술사 집안에 태어난 소년 아카기 카나타는 어느 날 할머니의 집에서 모래시계 같은 마술예장을 기동하고 만다. 정신이 들고 보니 그곳은 한창 전쟁 중인 쇼와 20년의 제도였다. 거기서 만난 소녀 후지미야 츠쿠모와 함께 카나타는 대전 뒤편에서 벌어졌던 또 하나의 전쟁--『성배전쟁』에 말려드는데…….