ある日、現代日本にRPGのような法則が出現した。 人々の視界にはステータスや職業選択の画面が現れ、能力値やスキルによって個人の能力が変化するようになる。同時に、全国の駅や空港はダンジョンへと変貌し、内部に出現した怪物が人々の日常を脅かし始めた。 東京の大学で物理学を学ぶ19歳の大学生、瀬川直人に与えられた職業は「学者」。戦闘向きとは言い難い職業だが、彼には優れた知力と、計算や分析を助けるスキルがあった。 突然の異変に巻き込まれた直人は、新宿で出会った人々と協力しながら、生き延びる道を探す。年齢も職業も異なる人々が、それぞれの知識や能力を持ち寄り、怪物の脅威に立ち向かっていく。 社会が崩壊していく中、直人たちは自分たちに与えられた能力と、目の前にある現実を頼りに、生存の道を切り開こうとする。