高校生の枷場明生は、理由も分からず胸の奥に冷たい違和感を抱えて生きていた。ある日、謎の天使ゼルクエルに襲撃されたことで、自身の体に「女神の神核」が宿っていることを知る。世界は神々の不在によって滅びの危機に瀕しており、新たな女神を現世に顕現させる「創生」の儀式が必要だった。同級生の仲沢友理奈、先達である神無月亜里沙や神藤早乙女とともに、明生は己の葛藤を乗り越え、世界を照らす真の女神をその身から創り出す戦いに挑む。