時は未来。戦争が激化する中、１つの高性能戦闘ヒトガタAIであるFIRE・EXは仲間や親友という存在をもたなかった。 そしてコアを破壊され転生したＦＩＲＥ・ＥＸは破壊されたときの保険であった支援専用ＡＩであるＳＥＥＤ・ＯＮＥとともに新たな世界を旅し、世界を戦に巻き込む元凶である各地のＡＩを滅ぼすための旅に出るのであった。