時は近未来、地球人類は一つとなり世界に平和が訪れた。 しかし、平和になった世界に宇宙から魔の手が忍び寄る。 インシデンツと呼ばれた異星人は地球人類に対して宣戦を布告。 あくまでも対話による解決を求めた地球人類を嘲笑うかの如く、インシデンツによる総攻撃が開始された。 世界各地が占領され残されたのはかつて日本と呼ばれた島国のみ。 追い詰められた地球人類は太古の昔に封印した超兵器ソース・コーダーを起動させた。 戦え、ソース・コーダー！ 地球人類を守るために。