遠い未来――人類は「審判の時」と呼ばれる災厄から逃れるため、故郷を捨て、巨大宇宙船《方舟》で宇宙へ旅立った。 しかし、人類を追う謎の天敵「ネメシス」が方舟を襲撃する。 生き残るため、人類は巨大人型兵器《アークフレーム》を起動。選ばれた操縦者たちは、最後の人類を守るため、未知の敵との戦いに身を投じる。