高校2年生の服部伊織には、クラスメイトにも片想い中の女の子にも言えない秘密がある。 服部家は、現代まで密かに続く忍者の一族なのだ。 昼は授業を受け、友人とくだらない話をする普通の高校生。 だが夜になれば、裏で届く依頼を受けて街へ出る。 潜入、護衛、監視、奪還――そして、ときには暗殺。 普段の任務では文句も言えば失敗に焦ることもある伊織だが、人を殺す仕事だけは別だった。 そんな二重生活を送る中、伊織の日常と忍者としての世界が少しずつ交わり始める。 しかも、彼が密かに想いを寄せる少女にも、どうやら秘密があるようで――。