17歳の夏、時川歩香は、100年後の未来からやって来た青年・時川港と出会う。

港は、地球温暖化と富士山の大噴火によって崩壊寸前となった2130年の未来を救うため、過去へ送り込まれていた。そして、11歳の天才少年・天野晴人が未来を変える鍵を握っていることを知る。

港との別れを目の前で見届けた歩香は、ある決意を胸に刻む。

――歴史が再び歪むなら、私が守る。

晴人が未来へ残す研究成果を守り、100年後に港と再会するため、歩香は歴史学、量子力学、環境工学を学び、やがて国家や企業の枠を越えた歴史管理機関を築いていく。

さらに彼女は、未来で港の相棒となるAIリス型タイムマシン「リプリス」の開発にも関わる。その誕生には、若き日の歩香が愛した一匹のリス「ナッツ」との忘れられない記憶が秘められていた。

そして2130年。117歳となった歩香は、ついに歴史の重大な分岐点を突き止める。

すべての始まりは、2030年8月1日のあの日だった。

なぜ歩香は「その機関」を創ったのか。
なぜリプリスは港の相棒となったのか。
そして、100年にわたる歩香の戦いは、どこへたどり着くのか。

本編では描かれなかった、時川歩香の知られざる100年と、タイムパトロール誕生の物語。

一人の少女の小さな決意が、やがて未来を守る巨大な「歴史の歯車」を動かしていく。