江戸の長屋に住む少年・新吉は、ある夜、床下から聞こえる「ぺた、ぺた」という不気味な音を耳にする。翌朝、長屋の茂兵衛じいさんが姿を消し、部屋にはぬれたあとと奇妙な手がかりが残されていた。新吉は仙太、おはるとともに事件を調べ、古い水路、なくなった草履、落ちていた手ぬぐい、そして「橋」と書かれた紙を見つける。怪しい人物を疑いながらも、三人は思い込みを捨てて手がかりをつなぎ合わせていく。やがて、茂兵衛じいさんが昔の約束を果たすため、誰にも知られず古い水路を通ったことを知る。