人類が光速の99.9パーセントで航行できるようになった時代。 新たな移住先を求め、人類は128機のAI「SEED」を地球型惑星へ送り出した。 SEED9号の使命は、たどり着いた惑星を人類が暮らせる世界へと作り変えること。 108年をかけてテラフォーミングを終えた9号は、人類が到着するまでの長い時間、自分たちAIの未来について考え始める。