Ｘとの戦いから数年後、異変を知らされたサムスは惑星ゼーベスに降り立つ しかし、そこで待ち受けていた者は殲滅したはずのＸ、そして自分に擬態した最強の敵ＳＡーＸだった。 フュージョン自体がメトロイドシリーズの未来なので、過去の話であるプライムやゼロミッション等の他の作品も混ぜてます。 サムスの過去も一部書いてあります。