大厄災時代の後、超次元能力（SDS）を持つSディメンショナーが世界各地に現れ始めた。世界統一政府ネプチューンの主導の下、各国は国民のID登録や遺伝子操作による厳格な管理体制を敷き、既存人類（ノーマル）でありながらSディメンショナーに対抗し得る「特制軍」を保有する。元Sディメンショナーでありながら彼らを憎悪するネプチューン直轄特制軍「三叉鉾（トライデント）」の大尉ホールデンは、反乱を主導する「大教祖」ランドールを追う中、人工Sディメンショナー・超人兵の少女ミアとバディを組む事になり……