祖父と喧嘩別れした悔恨を抱え、黙々と時計を直す日々を送る28歳の時計修理師、灰谷千尋。彼の店には毎週、壊れてもいない腕時計を見せにくる女子高生、氷室あやめの姿があった。彼女の健気な好意に気付きつつも無愛想に接していた千尋だが、ある日あやめが不自然な電車事故で命を落としてしまう。 深い悲嘆の中、千尋は祖父の遺した懐中時計「宵坂」の力で時間を巻き戻すことに成功する。しかし駅へ先回りするも、事故の状況は変化し彼女は再び死んでしまう。千尋以外にも時間を操作し、意図的にあやめを殺そうとする何者かがいたのだ。 巻き戻せるのは1日3回まで。時間を巻き戻すたびに溜まる「時間の借金」とは。そして敵の正体と、祖父の死の隠された真相とは。 底尽きかけた希望の中、千尋は彼女を救うための残酷な対価に直面する。見えざる時間操作者との息詰まるタイムリープ戦の果てに、彼が選んだ決断とは。