舞台は全寮制のお嬢さま女子校・星雲女学園。 高等部に進学し「中等部の頃と同じように穏やかな学園生活を送ろう」と思っていた雨音小夜は、ひょんなことから高等部2年生の牧野月愛に気に入られ、なぜか一緒に「真夜中部」を結成することになる。 ひっそりとした消灯後の女子寮で、少女たちは今夜も秘密のお茶会を行い、女学園の問題を人知れず解決していくのだった。