廃駅寸前の田舎駅、サーテインに迷い込んできた一人の少女、シャルロッテ・ボーデン。彼女は20年前に世界を滅ぼし、戦後滅却されたはずの超兵器『重粒子爆弾』を完成させる理論を再発見してしまった罪で追われていた。 サーテイン駅長カンナ・シラーズはシャルロッテを守るために追手である『鉄道公社』と戦うことを決意する。