小学五年生の百汰は、夏休みのあいだ、海辺の商店街にある「嶋戸鍵屋」へ預けられることになった。 そこで出会ったのは、座敷童なのに派手なヤンキー姿のお兄さん・燐悟と、優しく迎えてくれる店主の千夜。そして、店を手伝う年上の女の子・奈々美だった。 嶋戸鍵屋に持ち込まれるのは、普通の鍵屋では解決できない、ちょっと怪しくて不思議な困りごと。 そこには、物だけではなく、心にかかった「鍵」を開くという、嶋戸家に任された秘密の役目があった。 百汰は燐悟の手伝いをしながら、持ち主を思う古物や、死者の残した鍵、生きた人間の想いから生まれた不思議な出来事に巻き込まれていく。 しかし、そんな百汰自身も、後ろめたい困りごとを抱えていた。 五年生になってから、学校へ行けなくなってしまったのだ。担任の先生や友だちと考え方が合わなくなり、自分の居場所を見つけられなくなっていた。父親はそんな百汰を心配し、夏休みのあいだを嶋戸鍵屋で過ごすことを提案したのだった。 忙しい毎日の中で、百汰はさまざまな人と出会い、誰かの心にかかった「鍵」を開いていく。そして、やがて奈々美が抱えている大きな秘密を知ってしまう。 百汰は奈々美を助けるために奔走し、彼女の思いを引き継ぐように別れを告げることになる。 不思議な鍵屋で過ごしたひと夏の出会いと別れは、閉ざしていた百汰自身の心にも、小さな変化をもたらしていた。 これは、心にかかった鍵を開き、少しずつ前へ進んでいく少年と、座敷童のお兄さんのひと夏の物語。