記憶を失った少年ニールは、翼を持つ少女エクシアと出会い、滅びゆく世界を旅することになる。旅の中で少しずつ明かされる世界の真実と、自らに課せられた使命。やがて彼は、世界の未来を左右する選択を迫られる──。