神様、妖怪、幽霊、呪物。 人ならざるものが「神格」として、人間の隣で暮らす街――神無瀬市。 高校生でありながら神格鑑定局に所属する皆川旭は、ある日、同級生の空木凪斗が“異能を吸収する”力を持っていることを知る。 本人すら正体を知らないその力。 事件解決への道筋を見抜く少女・此花理乃。 そして街では、弱い神格たちが次々と姿を消していた。 調査の先で三人が辿り着くのは、神格を捕らえ、その力を商品にする違法業者《乾電池屋》。 だが、それを摘発して終わりではない。 奪われた神の力は人間の開発へ流れ、山を削り、ついには山の主たる大天狗を怒らせる。 人間が悪いのか。 神が正しいのか。 どちらかを倒せば済む話なら、神格鑑定士なんて必要ない。 神を理解しようとする旭。 神の力を喰らう凪斗。 正反対の二人が相棒となり、 人と神が同じ街で生きていくための答えを探す。