ギンガ団との戦いが収束してしばらくしたある日の事。 トバリシティにあるギンガ団の本拠地である『トバリギンガビル』にナオキと仲間のポケモンの姿があった。 ナオキ達は大胆にも正門からギンガビルに潜入した。 しかし、トライスの姿をしているにもかかわらず、今回はギンガ団と戦うつもりは毛頭ないらしく、特に騒ぎを起こす事なくすたすたとどこかへ向かっていった。 テンガン山での戦い以降、沈黙を続けるトバリシティに、さりげなくそれを破るような雰囲気が漂う… ナオキがここに来た目的は… そして、そこでナオキが知った真実とは…