隕石と共に地球へ飛来した謎の生命体「くら」と出会った高校生の翔吾。互いに惹かれ合い絆を深める二人だったが、記憶と異能を奪う宇宙の「支配家」によって引き裂かれてしまう。存在を消されかけた翔吾は、世界の記憶が集まる「虹色の部屋」で自らの能に覚醒。二人の記憶を結ぶ合図を胸に、翔吾は奪われたくらを取り戻すため、世界の理と膨大な運命に抗う戦いへ立ち向かう。