親殺しの罪を背負い、陰陽師として生きる18歳の少年、零士五郷。 過去の記憶を失いながらも、人を襲う怪異――付喪神を祓う日々を送っていた。 そんなある夜、歌舞伎町で出会った謎の女性、独夜から「付喪神も陰陽師も、どっちも潰したくない？」と誘われる。 しかし、罪と向き合うことに疲れた五郷は、その誘いを拒絶した。 ところが翌朝、独夜は五郷の新たなバディとして陰陽寮に現れた。 敵か味方かも分からない彼女と、否応なく行動を共にすることになった五郷。 やがて二人は、付喪神と陰陽師、そして五郷の過去を巡る壮絶な事件へと巻き込まれていく。