人類が生まれなくなった世界で、最後に生まれた少年は「心」で戦うことになる。 人類最後の少年・空閑仁は、謎の生命体《ミレス》と戦うため、自らの深層世界《サンクチュアリ》に足を踏み入れる。 少年が手にした武器と心は、人類の未来を選ぶためのものなのか。 それとも、人類そのものを変えてしまう力なのか。 ミレスとの戦いの果てに、最後の少年が選ぶ未来とは――。