人口爆発、資源逼迫、異常気象——あらゆる問題がひっ迫しているこの世界。 ある時、日本において別世界へ魂を移住させる、電体化技術が生まれた。 新たなる世界はまさに異世界。もう一つの現実、拡張電脳世界『亜世界』と呼ばれることになる。 そこでは、飢餓も、暑さ寒さも、死も望まぬ限り訪れない。 ——はずだった。 実証段階のこの技術には、綻びがあった。 突如として人の魂を蝕む『バグ』という異能生物。 バグを利用し、亜世界と現実の境界を脅かす闇の者たち。 それらから守るため構成された組織が、『亜装機動隊』である。 その第4部隊長、東堂蓮は、部下思いだが不器用な男だ。 だが彼には裏の顔がある。 存在しない秘密捜査部『404』の一員として、9年前に妹・日名子を奪った『黒門事件』 ——その首謀者とされる“魔王”の行方を追い続けていたのだ。 しかしここ数年、有力な手がかりは途絶えている。 追跡は停滞し、真相は闇に沈んだままだった。 そんな中、問題児と噂される新人・卸竜太を部隊に迎え入れる。 その直後、とある電体化した人物に対する脅迫文が届く。 「要望が聞き入られなければ、暗殺する」 これは間違いなく、特殊なバグによる手口が使われる ――そう確信した蓮は、部隊メンバーとともに任務に向かう。 止まっていた歯車が、動き出した。