雨が降りしきる街で、境界線のような「見えない壁（プロテクト）」を通り抜けてしまった少女・さくら。 壁の向こう側に広がる未来都市「ネオ・ヴェイド」で出会ったのは、一人で都市の秘密を追う少女・レイだった。 旧世界（現代）から来たさくらと、未来を生きるレイ。 本来交わるはずのなかった二人が手を携え、都市を管理する巨大なAIシステムと、見えない壁に隠された「世界崩壊の真実」に立ち向かっていく。