日本各地で、奇妙な失踪事件が相次いでいた。 大人、子ども、そして生まれたばかりの赤ん坊までが、何の痕跡も残さず姿を消していく。 当局がその原因を追う中、若き研究助手ソウタは、いつもの調査のため研究チームと共に古い神社を訪れる。 その静けさの裏で、すでに何か大きなものが動き始めているとも知らずに――。